引导扇区病毒是一种感染软盘“引导扇区”或硬盘“主引导记录”（MBR）的病毒（有些病毒会感染硬盘的引导扇区而非MBR）。当系统从受感染的磁盘启动时，受感染的代码会运行，一旦加载完毕，当在受感染的计算机内部访问其他软盘时，它就会感染这些软盘。虽然这些病毒是在BIOS级别进行感染，但它们使用DOS命令来传播到其他软盘。因此，在Windows 95出现后，它们逐渐销声匿迹。如今，有一些由脚本小子运行的程序，被称为“引导工具包”（bootkit），类似于“ rootkit ”，它们会将代码写入“主引导记录”，以便在启动过程早期加载，然后隐藏在Windows下运行的恶意软件的行为。
引导扇区病毒通常通过物理介质传播。连接到计算机的受感染软盘或 USB 驱动器会在读取驱动器代码时进行传输，然后修改或替换现有的引导代码。下次用户尝试启动桌面时，病毒将被加载并立即作为主引导的一部分运行。电子邮件附件也可能包含引导病毒代码。如果打开这些附件，它们会感染主机，并可能包含指令，指示向用户的联系人列表发送更多批次的电子邮件，从而广泛传播病毒。
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防止引导扇区病毒安装是最好的方法。为此，请确保所有计算机都运行最新的防病毒软件。如果您仍在使用软盘（CyberHoot 在 2020 年仍然发现这种情况），请务必在将其插入计算机之前对其进行病毒扫描。也不要信任 U 盘，并在使用您常用的防病毒程序之前对其进行病毒扫描。
清除引导扇区病毒可能非常困难，因为它可能会加密引导扇区。在许多情况下，用户甚至可能直到运行杀毒软件或反恶意软件扫描程序后才意识到自己感染了病毒。因此，用户必须依赖持续更新的杀毒软件，这些软件应拥有庞大的引导病毒库以及安全清除病毒所需的数据。如果由于加密或对现有代码造成严重损坏而无法清除病毒，则可能需要重新格式化硬盘才能彻底清除病毒。
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